一级预防

目前，还没有疫苗或预防性药物获准用于预防马尔堡病毒感染。在乌干达开展的 1b 期临床试验发现，一种病毒糖蛋白 DNA 疫苗显示出针对马尔堡病毒的安全性和免疫原性，并且可能会进入后续临床试验。[15] 许多其他候选疫苗的临床试验正在进行中。[16][17]​

丝状病毒疾病的主要预防方法是避免接触受感染动物载体、受污染物和马尔堡病毒病患者的体液，包括存活者的精液和母乳，因为在患者恢复后，体液的传染性可能持续数周或数月。[18]

二级预防

马尔堡病毒感染是一种法定报告疾病。

纤丝病毒性疾病预防的主要方法是避免接触受感染动物媒介、污染物和人类马尔堡病毒病患者的体液，包括来自幸存者的精液和母乳，因为在患者恢复后，可能其体液具有的传染性持续数周或数月。[18] 这包括远离因马尔堡病毒病死亡者的遗体以及进行人类遗体火化（而不是埋葬）。​[72]​

在照护纤丝病毒感染患者和处理被其血液或体液污染的废弃物时，应特别谨慎。推荐只有接受过个人防护用品 (personal protective equipment, PPE) 使用培训的医务人员才能照护潜在的感染患者，并由其他接受过培训的工作人员对其进行监视，以避免违反方案。​[73]​

一旦患者从纤丝病毒疾病中恢复，在未来就可能对同一病毒株具有免疫力，并被认为对一般人群无传染性。目前尚无证据评估精液和阴道液中持续存在的纤丝病毒是否会影响幸存者的未来生育结局。

AVI-7288 这种药物被作为马尔堡病毒病的暴露后预防治疗正在进行研究，该药物在非人类灵长类动物中显示出一定的前景。[74]

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